1、潔凈室的布置原則與恒溫室基本相同，不過，在防塵方面要求更為嚴格。

2、工藝布置應緊湊，盡可能地控制潔凈室面積。潔凈室建筑造價及投產后管理費用昂貴，節約建筑面積即可大大節約投資。在不影響工藝流程的情況下，應把潔凈度要求相同的房間集中布置，以便合理地布置空調系統。

3、潔凈室之間的物料運送路線要盡量短捷，以減少途中的污染和人員流動產生的灰塵，并通過傳遞窗遞送物料。

4、潔凈室的人流組織應首先通過潔凈輔助區進行人身凈化，然后從低潔凈度潔凈室流向高潔凈度潔凈室。由于潔凈室的密閉性高，人流路線往往比較長而且曲折，一旦發生事故，容易造成傷亡，設計時必須設置足夠的安全出入口和報警設施。出入口至潔凈室的所有工作地點要近便，并須有明顯的標志和事故照明。

人員出入口與物料出入口要分別設置，其外門不要面向全年主導風向，并須設置門斗。在滿足工藝要求的前提下，潔凈室的凈高應盡量降低，既減少通風換氣量，又降低造價，凈高一般以2.5m左右為宜。

5、潔凈室的平面布局大體可分為廊式和大廳式兩種。

a.廊式可有單條走廊、兩條走廊和三條走廊等布置方式。

b.單條走廊的潔凈室一般是建筑物中有一條走廊，兩側布置潔凈室以及輔助用室，走廊兼走道，回風管道可以采用自然采光。這種布置方式適用于潔凈度低的潔凈室或無窗潔凈室。

在兩條及三條走廊布置方式中，潔凈室的窗子可不直接開向室外。在三條走廊方案中，其中一條可兼做技術走廊，架設全部管線。這兩種布置方式可以采用包括層流在內的各種氣流組織，因而可布置各種不同潔凈度要求的潔凈室。

c.由于潔凈室管道較多，其中風管的截面最大，占用空間最多。為適應潔凈的要求，在平面和剖面設計時都采用了一些特殊的處理以統一布置各種管線。一般可采取技術夾層、技術夾墻和技術走廊的形式。有時亦可在豎向管道密集之處設置管道豎井來解決垂直方向的管線布置。