GMP藥廠凈化工程不同于一般的凈化工程，對廠房平面和設施布置有一定的要求，特別是一些細節性的問題需要特別的注意點，因此，GMP（2010）對藥廠凈化工程如何方便生產操作做了以下要求。
GMP藥廠凈化工程廠房的選址、設計、布局、建造、改造和維護等便于清潔、操作和維護。方便的生產操作，不僅著眼于生產效率，更在于可防止交叉污染和交叉感染。各種管道、照明設施、風口和其他公用設施的設計和安裝應當避免出現不易清潔的部位，應當盡可能在生產區外部對其進行維護。
GMP藥廠凈化工程的內表面（包括墻壁、地面、吊頂）應當平整光滑、無裂縫、接口嚴密、無顆粒物脫落，避免積灰，便于有效清潔，必要時應當進行清洗。產塵操作間應當保持相對負壓或采取專門的措施防止粉塵擴散、避免交叉污染并便于清潔。
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