設立潔凈廠房的加工廠廠址明確之后,科學合理地開展廠區內的總體布置和正確處理潔凈廠房與非潔凈廠房、潔凈廠房與各種可能的污染源之間的相對位置,對于建設后的潔凈廠房能安全可靠、經濟運行和保證加工廠產品品質都尤為重要。廠區內的潔凈廠房應布置在環境潔凈、人流和貨運物流不穿越或少穿越的路段;為盡可能減少外部環境污染,潔凈廠房應布置在離廠區內交通頻繁道路較遠處,若加工廠設立鍋爐房等對環境污染偏重的設施時,潔凈廠房布置應盡可能拉大與它們的距離或采用必要的技術性舉措,降低環境污染程度。

設有潔凈室的廠房內,通常可分為潔凈室(區)、潔凈室輔助用房、公用動力用房、辦公管理用房等,為了方便管理,減少廠區各種動力管線長度,盡量降低對潔凈室的污染程度,在規范、標準規定允許的前提下,現今各類設有潔凈廠房的工廠在進行工廠總平面布置時,盡量按組合式、大體量的綜合性廠房進行布置,可將多個有潔凈要求的車間及潔凈室輔助用房、辦公管理用房以及部分或全部公用動力設施集中布置在一棟綜合性廠房內。

為了減少廠區內部的污染,廠區的道路應選用整體性好、發塵量少的材料進行鋪砌,通常設有潔浄廠房的工廠內的道路面層宜采用改性瀝青路面。廠區綠化具有良好的吸塵、阻塵和降低大氣中有害物質的作用,設有潔凈廠房的工廠內應努力減少甚至不得有裸土地面,廠區所有“裸土”地應種植草坪、蓋上卵石等。據報道,綠化帶區域的塵埃降低率為22.5%左右,草坪可吸收二氧化碳量約1.5g/(m2.h),種植的植物分泌物的殺菌率可達50%。可見對廠區和工廠周固進行綠化不僅可改善環境,而且還可以降塵降菌。潔凈廠房周圍場地綠化應以種植草坪為主,小灌木為輔,不宜種植觀賞花卉及高大喬木。這是因為觀賞花卉多為季節性一年生植物,需經常翻土、播種、移植,從面破壞植被,并使塵土飛揚;高大喬木樹冠覆蓋面積大,其下部難以植被,容易產生揚塵。潔凈廠房周圍綠化樹種應選用不產生花絮、絨毛、粉塵等對大氣有不良影響的樹種。對生產藥品的潔浄廠房周圍不得種植有花粉的樹木、花草,以防花粉污染和招惹昆蟲。

對于潔凈廠房內要求設置防微振的精密設備、儀器或產品生產過程要求防微振時,在廠址選擇或已建工廠內的潔凈廠房場地選擇過程中,需要對周圍振源的振動影響做出評價,以確定該廠址或場地是否適宜建設。周圍振源對有防微振要求的設備、儀器或產品生產過程的振動影響,是若干單個振源振動的疊加結果,這種疊加,目前還沒有系統的參考數據及實用的計算方法,因此,應立足于實測。過去有的工廠,由于建廠前沒有對周圍各類振源的振動影響進行實測,潔凈廠房建成后發現對精密設備、儀器或對產品生產過程的影響很大,有的甚至難以進行生產、測試,所以說明實測各類振源振動的影響評價是十分重要，它是擬選擇的潔凈廠房的廠址或場地是否合適或需采取必要的防微振措施以確保將振源的振動影響控制在允許的范圍內。