自動化立體倉庫多為單元貨格式貨架，每一個貨格內存放一個貨物單元（托盤或貨箱），一個貨物單元由同一種貨物組成。其出入庫方式有兩種:一是以貨物單元為單位進行存和取；二是以貨物單元為單位進行整存，而按發貨的數量零取。前者作業比較簡單方便，可以利用巷道堆垛機進行整存整取。后者作業比較困難一些，其取貨方式有兩種:

①在出庫端設分揀臺，利用巷道堆垛機將貨物單元取出，放置在分揀臺上，由分揀人員按照出庫憑證取出所需要的數量，然后再由巷道堆垛機將貨物單元送回原來貨格。

②由分揀人員駕駛巷道分揀機或堆垛機，按照發貨憑證到每種貨物的相應貨格位置，從貨物單元中揀出所需要的數量。在同一倉庫內往往不是一種作業方式，多為混合作業方式，有時以整存整取為主，有時以整存零取為主。這主要取決于倉庫的規模、庫存貨物的品種數、貨物單元的大小和發運方式等。

倉庫的作業方式與設備的配置關系密切。倉庫設備的配置要與作業方式相適應。對于以整存整取為主的倉庫多采用巷道堆垛機；對于以整存零取為主的倉庫多采用揀選機。堆垛機和揀選機的數量主要根據巷道數和出入庫頻率來確定。如果貨物出入庫頻繁，則每個巷道配置一臺堆垛機或揀選機；對于貨物出入庫頻率比較小而且比較均衡的倉庫，堆垛機或揀選機數量可小于巷道數，具體數量可根據忙閑程度而定。但這時必須考慮堆垛機或揀選機跨巷道作業的問題，可通過兩種方式來解決:一是在巷道一端安裝巷道堆垛機轉移臺車，二是采用無軌巷道堆垛機或揀選機。倉庫周邊設備的配置主要取決于倉庫的規模和倉庫的總體布置。