食品無塵車間工程設計施工前的管理應對原有的建筑進行徹底的清掃和修補工作，對原有的門窗要做好密封工作，施工時，現場應該每天做清潔工作，不能象土建施工那樣，到最后才做清潔工作，施工工序應進行合理安排，杜絕哪部分材料先到就先施工哪部分的極端錯誤做法，允許同時施工的各部分要注意彼此間的銜接關系。

施工現場應有專用的倉儲間，設備和材料到達施工現場時應嚴格檢查，特別應該注意意HEPA過濾器是否有可見的損壞，各種過濾器開箱檢查后應重新封存，圍護壁板表面損壞嚴重的要重新補料，所有設備和材料的說明書和合格證均應妥善保管，以便竣工驗收后將資料完整的移交給用戶。

潔凈送、回風系統的風管，每一次加工后應立即清洗并進行漏光檢查，然后兩端用塑料薄膜封閉保護，安裝連接時再重新打開，特別是小尺寸的風管，假如不采取這種嚴格的清潔措施，系統連接后，清潔工作非常難做，對最后的驗收工作會帶來很大的困難，造成不堪設想的后果。

回風柱內和回風夾道必須邊清潔，邊施工，邊清潔，邊封鋼板風管的板材厚度和風管支架（或吊桿）的距離要嚴格按照國家規范執行，任何偷工減料的做法，都會造成不堪設相的后果。

在施工過程中，如臨時需要在壁板或頂板上開孔，必須征得設計的同意，以免影響無塵室內的氣流組織。

施工中要仔細做好無塵室的密封工作，很多人認為無塵車間為了平衡新風，要排掉一部分室內的空氣，泄漏一點也無所謂，實際上這種觀點是錯誤的，我們強調無塵室的氣流要有底流動，要按照設計的意圖流動，不該漏的地方絕對不能漏，這對控制無塵室的壓差有很大關系，密封材料應該是不起塵和不干涸的，注意有些工業無塵室禁止用硅膠材料密封。

無塵車間工程工作越接近完成時，越要更加仔細地清掃，其潔凈度應越來越高，在安裝時應特別注意那些觸及不到或難以觸及之處，對清掃房間應特別注意，在整個安裝期間應指定專人負責清掃并制訂清掃規程。